Структура та органи управління Охтирської загальноосвітньої школи І-ІІІ ступенів №2:
Засновник – Охтирська міська рада
Керівник закладу – Бондаренко Світлана Анатоліївна
Колегіальний орган управління закладу – педагогічна рада Охтирської загальноосвітньої школи І-ІІІ ступенів №2
Вищий колегіальний орган громадського самоврядування – загальні збори (конференція) колективу Охтирської загальноосвітньої школи І-ІІІ ступенів №2
У закладі також діють органи громадського самоврядування:
Учнівське самоврядування – президент, учениця 11 класу Мовсесян Єлізавета